Alignment of cyt b and b6 and subunit IV

                             0        10        20        30        40     
| | | |h n |
Bostaurus ----------------MTNIRKSHPLMKIVNNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQ
chicken ---------------
MAPNIRKSHPLLKMINNSLIDLPAPSNISAWWNFGSLLAVCLMTQ
Sacch.cere -----------------MAFRKSNVYLSLVNSYIIDSPQPSSINYWWNMGSLLGLCLVIQ
Rbcapsul --
MSGIPHDHYEPKTGIEKWLHDRLPIVGLVYDTIMIPTPKNLNWWWIWGIVLAFTLVLQ
Chlamyrb6 -------------
MSKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCIGGITFTCFLVQ
Mastigob6 -------------MANVYDWFQERLEIQALADDVTSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLIQ Nostocb6 -------------MANVYDWFEERLEIQAIAEDVTSKYVPPHVNIFYCLGGITLVCFLIQ M.tuberc. MSPKLSPPNIGEVLARQAEDIDTRYHPSAALRRQLNKVFPTHWS--FLLGEIALYSFVVL B. subtil ------MFSKEVTESKVFQWFNDRLEVQAISDDIASKYVPPHVNIFYCLGGLTLTCFLIQ
. . : : . : * :. ::
^ * : :: *
Prim.cons. MMSNIRKSH2E2KTGIEKWLHDRLPLLKLVN25IIDLPAPSNIN5WWNFGSLL25CLVLQ

50 60 70 80 90 100
wn | ----------------- | | | * | * |
Bostaurus ILTGLFLAMHYTS-----------------DTTTAFSSVTHICRDVNYGWIIRYMHANGASMFFICLYMHVGRGLYY
chicken ILTGLLLAMHYTA-----------------DTSLAFSSVAHTCRNVQYGWLIRNLHANGASFFFICIFLHIGRGLYY
Sacch.cere IVTGIFMAMHYSS
-----------------NIELAFSSVEHIMRDVHNGYILRYLHANGASFFFMVMFMHMAKGLYY
Rbcapsul IVTGIVLAMHYTP
-----------------HVDLAFASVEHIMRDVNGGWAMRYIHANGASLFFLAVYIHIFRGLYY
Chlamyrb6 VATGFAMTFYYRP
-----------------TVAEAFASVQYIMTDVNFGWLIRSIHRWSASMMVLMMVLHVFRVYLT
Mastigob6 FATGFAMTFYYKP-----------------TVTEAYASVQYIMNEVSFGWLIRSIHRWSASMMVLMMILHVFRVYLT Nostocb6 FATGFAMTFYYKP-----------------TVAEAYSSVQYIMNEVNFGWLIRSIHRWSASMMVLMMILHVFRVYLT
B. subtil FATGFAMTFYYKP-----------------TVTEAFASVQYIMNEVNFGWLIRSIHRWSASMMVLMMILHVFRVYLT tuberculosis LITGVYLTLFFDPSMVDVTYNGVYQPLRGVEMSRAYQSALDISFEVRGGLFVRQIHHWAALMFAAAIMVHLARIFFT : **: ::::* . **:** : :*: *: :* :* .**::.: : :*: :
Prim.cons. I2TG2FLAMHYT2D25LAFSSVEHIMRDVNYGW2IRY2HANGAS2FF2CM22H22RGLYY
     121 

      181

110 120 130 140 150 160
c| n | |n | | -|
Bostaurus GSYT--FLETWNIGVILLLTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGAT-VITNLLSAIPYIGTNLVE
chicken GSYL--YKETWNTGVILLLTLMATAFVGYVLPWGQMSFWGAT-VITNLFSAIPYIGHTLVE
Sacch.cere GSYRSPRVTLWNVGVIIFILTIATAFLGYCCVYGQMSHWGAT-VITNLFSAIPFVGNDIVS
Rbcapsul GSYKAPREITWIVGMVIYLLMMGTAFMGYVLPWGQMSFWGAT-VITGLFGAIPGIGPSIQA
Chlamyrb6 GGFKRPRELTWVTGVIMAVCTVSFGVTGYSLPWDQVGYWAVK-IVTGVPDAIPGVGGFIVE
Mastigob6 GGFKKPRELTWISGVILAVITVSFGVTGYSLPWDQVGYWAVK-IVSGVPEAIPVVGVLISD Nostocb6 GGFKKPRELTWVSGVILAVITVSFGVTGYSLPWDQVGYWAVK-IVSGVPEAIPVVGVLISD
B. subtil GGFKKPRELTWVVGVMLAVTTVTFGVTGYSLPWDQVGYWAVK-IVSGVPAAIPVVGDQLVT tuberculosis GAFRRPRETNWVIGSLLLILAMFEGYFGYSLPDDLLSGLGLRAALSSITLGMPVIGTWLHW *.: . * *::: : :. .. ** :.*:..*...::*.: .*** :* :
Prim.cons. GSYK5PR23TWN2GVI2LL2TMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIP2IG55IVE

170 180 190 200 210
| | *- | * | | --------
Bostaurus WIWGGFSVDKATLTRFFAFH-FILPFIIMAIAMVHLLFLHETGSNNPTGISS--------
chicken WAWGGFSVDNPTLTRFFALH-FLLPFAIAGITIIHLTFLHESGSNNPLGISS--------
Sacch.cere WLWGGFSVSNPTIQRFFALH-YLVPFIIAAMVIMHLMALHIHGSSNPLGITG--------
Rbcapsul WLLGGPAVDNATLNRFFSLH-YLLPFVIAALVAIHIWAFHTTGNNNPTGVEVRR------
Chlamyrb6/4 LLRGGVGVGQATLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPL-MSVTKKPDLSD

Mastigob6/4 LLRGGSSVGQATLTRYYSAHTFVLPWLIAVFMLLHFLMIRKQGISGPL-MATLKKPDLSD Nostocb6/4 LLRGGSSVGQATLTRYYSAHTFVLPWLIAVFMLFHFLMIRKQGISGPL-MATHKKPDLSD B. subtil LMRGSESVGQATLTRFYSLHTFVLPWAIAVLLLLHFLMIRKQGISGPL-MSIIKKPDLSD tuberculosis ALFGGDFPGTILIPRLYALHILLLPGIILALIGLHLALVWFQKHTQFPGPGR ** .*.:.*: **:::* :::*: : :*: :: * ..*
Prim.cons. WLWGGFSVDNATLTRFFALHTFLLPFIIAAIVI2HLL2LHETGSNNPLGISS22PDLSDP

220 230 240 250 260
------------- | c | | | |
tuberculosis ------TEHNVVGVRVMPVFA-FKSGAFFAAIVGVLGLMGGLLQINPI--WNLGPYKPSQVS Bostaurus -------------DVDKIPFHPYYT-IKDILGALLLILALMLLVLFAPDLLGDPDNYTPANPLNTP
chicken -------------DSDKIPFHPYYS-FKDILGLTLMLTPFLTLALFSPNLLGDPENFTPANPLVTP
Sacch.cere -------------NLDRIPMHSYFI-FKDLVTVFLFMLILALFVFYSPNTLGHPDNYIPGNPLVTP
Rbcapsul -------TSKADAEKDTLPFWPYFV-IKDLFALALVLLGFFAVVAYMPNYLGHPDNYVQANPLSTP
Chlamyr4
PVLKAKLAKGMGHNTYGEPAWPNDLLYMFPVVILGTFACVIGLSVLDPA-----AMGEPANPFATP
Mastigo4 PKLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYVFPVVIMGTFACIVALSVLDPA-----MVGEPADPFATP
Nostoc4
PTLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYVFPIVIMGSFACIVALAVLDPA-----MTGEPANPFATP
B. subtilis PDLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDILYMFPICILGALGLIAGLAILDPA-----MIGEPADPFATP . . :*:. .: . *. . .**: **
Prim.cons.   VL22K222D5DKIPFHPY252KDLLGLFLVLL525LLVL2SPNLLGDPDNYTPANPLVTP

270 280 290 300
| | ------------------ | |
Bostaurus PHIKPEWYFLFAYAILRSIPN------------------KLGGVLALAFSILILALIPLLH----
chicken PHIKPEWYFLFAYAILRSIPN------------------KLGGVLALAASVLILFLIPFLH----
Sacch.cere ASIVPEWYLLPFYAILRSIPD------------------KLLGVITMFAAILVLLVLPFTD----
Rbcapsul AHIVPEWYFLPFYAILRAFAADVWVVILVDGLTFGIVDAKFFGVIAMFGAIAVMALAPWLD----
Chlamyr4 LEILPEWYFYPVFQILRVVPN------------------KLLGVLLMAAVPAGLITVPFIE----
Mastigo4 LEILPEWYLYPVFQILRSVPN------------------KLLGVLLMASVPLGLILVPFIE----
Nostoc4 LEILPEWYLYPVFQILRSLPN------------------KLLGVLAMASVPLGLILVPFIE----
B. subtilis LEILPEWYLYPTFQILRILPN------------------KLLGIAGMAAIPLGLMLVPFIE----
tuberculosis AGSQPDFYMMWTEGLARIWPPWEFYFWH------HTIPAPVWVAVIMGLVFV
LLPAYPFLEKRFT  * ****: : *** .. *: **: : : *
Prim.cons. 2HIKPEWYFLP2YAILRSIPNDVWVVILVDGLTFGIVDAKL2GVLAMAA2IL2LALIPFL

310 320 330 340 350 360
| - | | | c | |
Bostaurus TSKQRSMMF-RPLSQCLFWALVADLLTLTWIGGQPVEHPYITIGQLASVLYFLLILVLMP
chicken KSKQRTMTF-RPLSQTLFWLLVANLLILTWIGSQPVEHPFIIIGQMASLSYFTILLILFP
Sacch.cere RSVVRGNTF-KVLSKFFFFIFVFNFVLLGQIGACHVEVPYVLMGQIATFIYFAYFLIIVP
Rbcapsul TSKVRSGAY-RPKFRMWFWFLVLDFVVLTWVGAMPTEYPYDWISLIASTYWFAYFLVILP
Chlamyr4 SINKFQNPY
RRPIATILFLL---GTLVAVWLGIGSTFPIDISLTLGLF-----------
Mastigo4 NVNKFQNPFRRPVATTIFLF---GTLVTIWLGIGATFPLDKTLTLGLF-----------
Nostoc4 NVNKFQNPFRRPVATTVFLF---GTLVTLWLGIGAALPLDKSLTLGLF-----------
B. subtilis SVNKFQNPFRRPIAMTVFLF---GTAAALWLGAGATFPIDKSLTLGLF
tuberculosis GDYAHHNLLQRPRDVPLPPAIGAITIAFYMVLTLAAMNDIIALKFHI
SLNATTWIGRIGMVILP . :: :: : . :*. :. :
Prim.cons. 2TSK2RS2TFRPLSQTLFWLLVA222VLTWIG2QPVEHPYITIGQIAS44YFAYFL224P
structures have beef W347 (yeast 348) aligning with chlamy I145
structures have beef P342 (yeast 343) aligning with chlamy P150
370 380 390 400
| |
Bostaurus TAGTIENKLLKW----------------
chicken TIGTLENKMLNY----------------
Sacch.cere VISTIENVLFYIGRVNK-----------
Rbcapsul LLGATEKPEPIPASIEEDFNSHYGNPAE
ChlamyrIV ----------------------------
Mastigo4 ----------------------------
Nostoc4 ----------------------------
B. subtilis ---------------------------- tuberculosis PFVYFITYRWCIGLQRSDRSVLEHGVETGIIKRLPHGAYIELH Prim.cons. TIGTIENKLL4422222DFNSHYGNPAE === tuberculosis QPLGPVDEHGHPIPLQYQGAPLPKRMNKLGSAGSPGSGSFLFADSAAEDAALREAGHAAE
1 Bostaurus 449
2 chicken 449
3 Saccharocere 449
4 Rbcapsul 449
5 Chlamyrb6 449
6 ChlamyrIV 449
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
1 -- M1 -- -- -- --
2 M1 A2 -- M1 M1 --
3 T2 P3 M1 S2 S2 --
4 N3 N4 A2 G3 K3 --
5 I4 I5 F3 I4 V4 --
6 R5 R6 R4 P5 Y5 --
7 K6 K7 K5 H6 D6 --
8 S7 S8 S6 D7 W7 --
9 H8 H9 N7 H8 F8 --
10 -- -- -- Y9 E9 --
11 -- -- -- E10 E10 --
12 -- -- -- P11 R11 --
13 -- -- -- K12 -- --
14 -- -- -- T13 -- --
15 -- -- -- G14 -- --
16 -- -- -- I15 -- --
17 -- -- -- E16 -- --
18 -- -- -- K17 -- --
19 -- -- -- W18 -- --
20 -- -- -- L19 -- --
21 -- -- -- H20 -- --
22 -- -- -- D21 -- --
23 -- -- -- R22 -- --
24 -- -- -- L23 -- --
25 P9 P10 V8 P24 L12 --
26 L10 L11 Y9 I25 E13 --
27 M11 L12 L10 V26 I14 --
28 K12 K13 S11 G27 Q15 --
29 I13 M14 L12 L28 A16 --
30 V14 I15 V13 V29 I17 --
31 N15 N16 N14 Y30 A18 --
32 N16 N17 S15 D31 D19 --
33 A17 S18 Y16 T32 D20 --
34 F18 L19 I17 I33 I21 --
35 I19 I20 I18 M34 T22 --
36 D20 D21 D19 -- S23 --
37 L21 L22 S20 I35 K24 --
38 P22 P23 P21 P36 Y25 --
39 A23 A24 Q22 T37 V26 --
40 P24 P25 P23 P38 P27 --
41 S25 S26 S24 K39 P28 --
42 N26 N27 S25 N40 H29 --
43 I27 I28 I26 L41 V30 --
44 S28 S29 N27 N42 N31 --
45 S29 A30 Y28 W43 I32 --
46 W30 W31 W29 W44 F33 --
47 W31 W32 W30 W45 Y34 --
48 N32 N33 N31 I46 C35 -- thioether for heme ci / heme x attachment in b6f, b6c1
49 F33 F34 M32 W47 I36 -- No walker Thr
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
50 G34 G35 G33 G48 G37 -- hemenotch gly, bH
51 S35 S36 S34 I49 G38 --
52 L36 L37 L35 V50 I39 --
53 L37 L38 L36 L51 T40 --
54 G38 A39 G37 A52 F41 --
55 I39 V40 L38 F53 T42 --
56 C40 C41 C39 T54 C43 --
57 L41 L42 L40 L55 F44 --
58 I42 M43 V41 V56 L45 --
59 L43 T44 I42 L57 V46 --
60 Q44 Q45 Q43 Q58 Q47 --
61 I45 I46 I44 I59 V48 --
62 L46 L47 V45 V60 A49 --
63 T47 T48 T46 T61 T50 -- Walker Thr
64 G48 G49 G47 G62 G51 -- hemenotch gly, bL
65 L49 L50 I48 I63 F52 --
66 F50 L51 F49 V64 A53 --
67 L51 L52 M50 L65 M54 --
68 A52 A53 A51 A66 T55 --
69 M53 M54 M52 M67 F56 --
70 H54 H55 H53 H68 Y57 --
71 Y55 Y56 Y54 Y69 Y58 --
72 T56 T57 S55 T70 R59 --
73 S57 A58 S56 P71 P60 --
74 D58 D59 N57 H72 T61 --
75 T59 T60 I58 V73 V62 --
76 T60 S61 E59 D74 A63 --
77 T61 L62 L60 L75 E64 --
78 A62 A63 A61 A76 A65 --
79 F63 F64 F62 F77 F66 --
80 S64 S65 S63 A78 A67 --
81 S65 S66 S64 S79 S68 --
82 V66 V67 V65 V80 V69 --
83 T67 A68 E66 E81 Q70 --
84 H68 H69 H67 H82 Y71 --
85 I69 T70 I68 I83 I72 --
86 C70 C71 M69 M84 M73 --
87 R71 R72 R70 R85 T74 --
88 D72 N73 D71 D86 D75 --
89 V73 V74 V72 V87 V76 --
90 N74 Q75 H73 N88 N77 --
91 Y75 Y76 N74 G89 F78 --
92 G76 G77 G75 G90 G79 --
93 W77 W78 Y76 W91 W80 --
94 I78 L79 I77 A92 L81 --
95 I79 I80 L78 M93 I82 --
96 R80 R81 R79 R94 R83 --
97 Y81 N82 Y80 Y95 S84 --
98 M82 L83 L81 I96 I85 --
99 H83 H84 H82 H97 H86 -- Hem bL ligand
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
100 A84 A85 A83 A98 R87 --
101 N85 N86 N84 N99 W88 --
102 G86 G87 G85 G100 S89 --
103 A87 A88 A86 A101 A90 --
104 S88 S89 S87 S102 S91 --
105 M89 F90 F88 L103 M92 --
106 F90 F91 F89 F104 M93 --
107 F91 F92 F90 F105 V94 --
108 I92 I93 M91 L106 L95 --
109 C93 C94 V92 A107 M96 --
110 L94 I95 M93 V108 M97 --
111 Y95 F96 F94 Y109 V98 --
112 M96 L97 M95 I110 L99 --
113 H97 H98 H96 H111 H100 -- Heme bH ligand
114 V98 I99 M97 I112 V101 --
115 G99 G100 A98 F113 F102 --
116 R100 R101 K99 R114 R103 --
117 G101 G102 G100 G115 V104 --
118 L102 L103 L101 L116 Y105 --
119 Y103 Y104 Y102 Y117 L106 --
120 Y104 Y105 Y103 Y118 T107 --
121 G105 G106 G104 G119 G108 --
122 S106 S107 S105 S120 G109 --
123 Y107 Y108 Y106 Y121 F110 --
124 T108 L109 R107 K122 K111 --
125 -- -- S108 A123 R112 --
126 -- -- P109 P124 P113 -- Cis-PRO at least in some
127 F109 Y110 R110 R125 R114 --
128 L110 K111 V111 E126 E115 --
129 E111 E112 T112 I127 L116 --
130 T112 T113 L113 T128 T117 --
131 W113 W114 W114 W129 W118 --
132 N114 N115 N115 I130 V119 --
133 I115 T116 V116 V131 T120 -- Walker Thr only in b6f
134 G116 G117 G117 G132 G121 -- notch gly, heme bH
135 V117 V118 V118 M133 V122 --
136 I118 I119 I119 V134 I123 --
137 L119 L120 I120 I135 M124 --
138 L120 L121 F121 Y136 A125 --
139 L121 L122 I122 L137 V126 --
140 T122 T123 L123 L138 C127 --
141 V123 L124 T124 M139 T128 --
142 M124 M125 I125 M140 V129 -- M125
143 A125 A126 A126 G141 S130 --
144 T126 T127 T127 T142 F131 --
145 A127 A128 A128 A143 G132 --
146 F128 F129 F129 F144 V133 --
147 M129 V130 L130 M145 T134 -- Walker Thr only in b6f
148 G130 G131 G131 G146 G135 -- notch gly, heme bL
149 Y131 Y132 Y132 Y147 Y136 -- Y147S/A ps- F50% inh
150 V132 V133 C133 V148 S137 --
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
151 L133 L134 C134 L149 L138 --
152 P134 P135 V135 P150 P139 --
153 W135 W136 Y136 W151 W140 --
154 G136 G137 G137 G152 D141 --
155 Q137 Q138 Q138 Q153 Q142 --
156 M138 M139 M139 M154 V143 -- M154I or V reverts Y147Sa
157 S139 S140 S140 S155 G144 --
158 F140 F141 H141 F156 Y145 --
159 W141 W142 W142 W157 W146 --
160 G142 G143 G143 G158 A147 -- G158W inact for heterodimer. G143A QoI resist
161 A143 A144 A144 A159 V148 --
162 T144 T145 T145 T160 K149 --
163 V145 V146 V146 V161 I150 --
164 I146 I147 I147 I162 V151 --
165 T147 T148 T148 T163 T152 -- Saribas1998 mutant T163F blocks assembly?
166 N148 N149 N149 G164 G153 --
167 L149 L150 L150 L165 V154 --
168 L150 F151 F151 F166 P155 --
169 S151 S152 S152 G167 D156 --
170 A152 A153 A153 A168 A157 --
171 I153 I154 I154 I169 I158 --
172 P154 P155 P155 P170 P159 --
173 Y155 Y156 F156 G171 G160 -- aromat rama outlier
174 I156 I157 V157 I172 V161 --
175 G157 G158 G158 G173 G162 -- Turn betw cd1,cd2
176 T158 H159 N159 P174 G163 --
177 N159 T160 D160 S175 F164 --
178 L160 L161 I161 I176 I165 --
179 V161 V162 V162 Q177 V166 --
180 E162 E163 S163 A178 E167 --
181 W163 W164 W164 W179 L168 --
182 I164 A165 L165 L180 L169 --
183 W165 W166 W166 L181 R170 --
184 G166 G167 G167 G182 G171 -- between cd2, D. Revert T163F by G182S
 185 G167 G168 G168 G183 G172 --
186 F168 F169 F169 P184 V173 --
187 S169 S170 S170 A185 G174 --
188 V170 V171 V171 V186 V175 --
189 D171 D172 S172 D187 G176 --
190 K172 N173 N173 N188 Q177 --
191 A173 P174 P174 A189 A178 --
192 T174 T175 T175 T190 T179 --
193 L175 L176 I176 L191 L180 --
194 T176 T177 Q177 N192 T181 --
195 R177 R178 R178 R193 R182 --
196 F178 F179 F179 F194 F183 --
197 F179 F180 F180 F195 Y184 --
198 A180 A181 A181 S196 S185 --
199 F181 L182 L182 L197 L186 --
200 H182 H183 H183 H198 H187 -- heme blo ligand
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
201 -- -- -- -- T188 -- extra in b6, Pi bulge helix D
202 F183 F184 Y184 Y199 F189 --
203 I184 L185 L185 L200 V190 --
204 L185 L186 V186 L201 L191 --
205 P186 P187 P187 P202 P192 --
206 F187 F188 F188 F203 L193 --
207 I188 A189 I189 V204 L194 --
208 I189 I190 I190 I205 T195 --
209 M190 A191 A191 A206 A196 --
210 A191 G192 A192 A207 V197 --
211 I192 I193 M193 L208 F198 --
212 A193 T194 V194 V209 M199 --
213 M194 I195 I195 A210 L200 --
214 V195 I196 M196 I211 M201 --
215 H196 H197 H197 H212 H202 -- heme bhi ligand
216 L197 L198 L198 I213 F203 --
217 L198 T199 M199 W214 L204 --
218 F199 F200 A200 A215 M205 --
219 L200 L201 L201 F216 I206 --
220 H201 H202 H202 H217 R207 -- quinone ligand in bc1
221 E202 E203 I203 T218 K208 --
222 T203 S204 H204 T219 Q209 --
223 G204 G205 G205 G220 G210 --
224 S205 S206 S206 N221 I211 --
225 N206 N207 S207 N222 S212 M1
226 N207 N208 N208 N223 G213 S2
227 P208 P209 P209 P224 P214 V3
228 T209 L210 L210 T225 L215 T4
229 G210 G211 G211 G226 -- K5
230 I211 I212 I212 V227 -- K6
231 S212 S213 T213 E228 -- P7
232 S213 S214 G214 V229 -- D8
233 -- -- -- R230 -- L9
234 -- -- -- R231 -- S10
235 -- -- -- -- -- D11
236 -- -- -- -- -- P12
237 -- -- -- -- -- V13
238 -- -- -- -- -- L14
239 -- -- -- -- -- K15
240 -- -- -- -- -- A16
241 -- -- -- -- -- K17
242 -- -- -- -- -- L18
243 -- -- -- T232 -- A19
244 -- -- -- S233 -- K20
245 -- -- -- K234 -- G21
246 -- -- -- A235 -- M22
247 -- -- -- D236 -- G23
248 -- -- -- A237 -- H24
249 D214 D215 N215 E238 -- N25
250 V215 S216 L216 K239 -- T26
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
251 D216 D217 D217 D240 -- Y27
252 K217 K218 R218 T241 -- G28
253 I218 I219 I219 L242 -- E29
254 P219 P220 P220 P243 -- P30
255 F220 F221 M221 F244 -- A31 hydrophobe on other side of ubiquinone/anti from heme
256 H221 H222 H222 W245 -- W32
257 P222 P223 S223 P246 -- P33 cis-pro, cis-ser
258 Y223 Y224 Y224 Y247 -- N34
259 Y224 Y225 F225 F248 -- D35
260 T225 S226 I226 V249 -- L36
-- -- -- -- -- -- L37 Pi bulge in E helix?
261 I226 F227 F227 I250 -- Y38
262 K227 K228 K228 K251 -- M39
263 D228 D229 D229 D252 -- F40 anti binding
264 I229 I230 L230 L253 -- P41
265 L230 L231 V231 F254 -- V42
 266 G231 G232 T232 A255 -- V43
267 A232 L233 V233 L256 -- I44
268 L233 T234 F234 A257 -- L45
269 L234 L235 L235 L258 -- G46
270 L235 M236 F236 V259 -- T47
271 I236 L237 M237 L260 -- F48
272 L237 T238 L238 L261 -- A49
273 A238 P239 I239 G262 -- C50
274 L239 F240 L240 F263 -- V51
275 M240 L241 A241 F264 -- I52
276 L241 T242 L242 A265 -- G53
277 L242 L243 F243 V266 -- L54
278 V243 A244 V244 V267 -- S55
279 L244 L245 F245 A268 -- V56
280 F245 F246 Y246 Y269 -- L57
281 A246 S247 S247 M270 -- D58
282 P247 P248 P248 P271 -- P59 End of helix E
283 D248 N249 N249 N272 -- A60
284 L249 L250 T250 Y273 -- --
285 L250 L251 L251 L274 -- --
286 G251 G252 G252 G275 -- -- Part of ef loop interacting with c1
287 D252 D253 H253 H276 -- -- E253 provides E272 function in beta,gamma proteo? Wenz
288 P253 P254 P254 P277 -- --
289 D254 E255 D255 D278 -- A61
290 N255 N256 N256 N279 -- M62
291 Y256 F257 Y257 Y280 -- G63
292 T257 T258 I258 V281 -- E64
293 P258 P259 P259 Q282 -- P65
294 A259 A260 G260 A283 -- A66
295 N260 N261 N261 N284 -- N67
296 P261 P262 P262 P285 -- P68
297 L262 L263 L263 L286 -- F69 Start of ISP perch (leu in 1997 figure). Darrouzet L286F
298 N263 V264 V264 S287 -- A70 \-mobility mutants at 286, 288
299 T264 T265 T265 T288 -- T71 or was that Thr in 1997 picture - Brandt's mutant T265E
300 P265 P266 P266 P289 -- P72 \-and Darrouzet T288S
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
301 P266 P267 A267 A290 -- L73
302 H267 H268 S268 H291 -- E74 Ser268-H-bind D255 in yeast. His 268 does not in ch, prox or dist.
303 I268 I269 I269 I292 -- I75 \H291 Zn-binding in Rb, H291L nearly inactive (Ventrurolli)
304 K269 K270 V270 V293 -- L76
305 P270 P271 P271 P294 -- P77 PEWY
306 E271 E272 E272 E295 -- E78
307 W272 W273 W273 W296 -- W79
308 Y273 Y274 Y274 Y297 -- Y80
309 F274 F275 L275 F298 -- F81
310 L275 L276 L276 L299 -- Y82
311 F276 F277 P277 P300 -- P83
312 A277 A278 F278 F301 -- V84
313 Y278 Y279 Y279 Y302 -- F85
314 A279 A280 A280 A303 -- Q86
315 I280 I281 I281 I304 -- I87
316 L281 L282 L282 L305 -- L88
317 R282 R283 R283 R306 -- R89
318 S283 S284 S284 A307 -- V90
319 I284 I285 I285 F308 -- V91
320 P285 P286 P286 A309 -- P92
321 N286 N287 D287 A310 -- N93
322 -- -- -- D311 -- --
323 -- -- -- V312 -- --
324 -- -- -- W313 -- --
325 -- -- -- V314 -- --
326 -- -- -- V315 -- --
327 -- -- -- I316 -- --
328 -- -- -- L317 -- --
329 -- -- -- V318 -- --
330 -- -- -- D319 -- --
331 -- -- -- G320 -- --
332 -- -- -- L321 -- --
333 -- -- -- T322 -- --
334 -- -- -- F323 -- --
335 -- -- -- G324 -- --
336 -- -- -- I325 -- --
337 -- -- -- V326 -- --
338 -- -- -- D327 -- --
339 -- -- -- A328 -- --
340 K287 K288 K288 K329 -- K94
341 L288 L289 L289 F330 -- L95
342 G289 G290 L290 F331 -- L96
343 G290 G291 G291 G332 -- G97
344 V291 V292 V292 V333 -- V98
345 L292 L293 I293 I334 -- L99
346 A293 A294 T294 A335 -- L100
347 L294 L295 M295 M336 -- M101
348 A295 A296 F296 F337 -- A102
349 F296 A297 A297 G338 -- A103
350 S297 S298 A298 A339 -- V104
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
351 I298 V299 I299 I340 -- P105
352 L299 L300 L300 A341 -- A106
353 I300 I301 V301 V342 -- G107
354 L301 L302 L302 M343 -- L108
355 A302 F303 L303 A344 -- I109
356 L303 L304 V304 L345 -- T110
357 I304 I305 L305 A346 -- V111
358 P305 P306 P306 P347 -- P112 ???
359 L306 F307 F307 W348 -- F113
360 L307 L308 T308 L349 -- I114
361 H308 H309 D309 D350 -- E115
362 T309 K310 R310 T351 -- S116
363 S310 S311 S311 S352 -- I117
364 K311 K312 V312 K353 -- N118
365 Q312 Q313 V313 V354 -- K119
366 R313 R314 R314 R355 -- F120
367 S314 T315 G315 S356 -- Q121
368 M315 M316 N316 G357 -- N122
369 M316 T317 T317 A358 -- P123
370 F317 F318 F318 Y359 -- Y124
371 -- -- -- -- -- R125
372 R318 R319 K319 R360 -- R126 ??
373 P319 P320 V320 P361 -- P127 ??
374 L320 L321 L321 K362 -- I128
375 S321 S322 S322 F363 -- A129
376 Q322 Q323 K323 R364 -- T130
377 C323 T324 F324 M365 -- I131
378 L324 L325 F325 W366 -- L132
379 F325 F326 F326 F367 -- F133
380 W326 W327 F327 W368 -- --
381 A327 L328 I328 F369 -- --
382 L328 L329 F329 L370 -- L134
383 V329 V330 V330 V371 -- L135
384 A330 A331 F331 L372 -- G136
385 D331 N332 N332 D373 -- T137
386 L332 L333 F333 F374 -- L138
387 L333 L334 V334 V375 -- V139
388 T334 I335 L335 V376 -- A140
389 L335 L336 L336 L377 -- V141
390 T336 T337 G337 T378 -- --
391 W337 W338 Q338 W379 -- W142
392 I338 I339 I339 V380 -- L143
393 G339 G340 G340 G381 -- G144
394 G340 S341 A341 A382 -- I145
395 Q341 Q342 C342 M383 -- G146
396 P342 P343 H343 P384 -- S147
397 V343 V344 V344 T385 -- T148
398 E344 E345 E345 E386 -- --
399 H345 H346 V346 Y387 -- F149
400 P346 P347 P347 P388 -- P150 cis-pro (not in b6)
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4
401 Y347 F348 Y348 Y389 -- I151
402 I348 I349 V349 D390 -- D152
403 T349 I350 L350 W391 -- I153
404 I350 I351 M351 I392 -- S154
405 G351 G352 G352 S393 -- L155
406 Q352 Q353 Q353 L394 -- T156
407 L353 M354 I354 I395 -- L157
408 A354 A355 A355 A396 -- G158
409 S355 S356 T356 S397 -- L159
410 V356 L357 F357 T398 -- F160
411 L357 S358 I358 Y399 -- --
412 Y358 Y359 Y359 W400 -- --
413 F359 F360 F360 F401 -- --
414 L360 T361 A361 A402 -- --
415 L361 I362 Y362 Y403 -- --
416 I362 L363 F363 F404 -- --
417 L363 L364 L364 L405 -- --
418 V364 I365 I365 V406 -- --
419 L365 L366 I366 I407 -- --
420 M366 F367 V367 L408 -- --
421 P367 P368 P368 P409 -- --
422 T368 T369 V369 L410 -- --
423 A369 I370 I370 L411 -- --
424 G370 G371 S371 G412 -- --
425 T371 T372 T372 A413 -- --
426 I372 L373 I373 T414 -- --
427 E373 E374 E374 E415 -- --
428 N374 N375 N375 K416 -- --
429 K375 K376 V376 P417 -- --
430 L376 M377 L377 E418 -- --
431 L377 L378 F378 P419 -- --
432 K378 N379 Y379 I420 -- --
433 W379 Y380 I380 P421 -- --
434 -- -- G381 A422 -- --
435 -- -- R382 S423 -- --
436 -- -- V383 I424 -- --
437 -- -- N384 E425 -- --
438 -- -- K385 E426 -- --
439 -- -- -- D427 -- --
440 -- -- -- F428 -- --
441 -- -- -- N429 -- --
442 -- -- -- S430 -- --
443 -- -- -- H431 -- --
444 -- -- -- Y432 -- --
445 -- -- -- G433 -- --
446 -- -- -- N434 -- --
447 -- -- -- P435 -- --
448 -- -- -- A436 -- --
449 -- -- -- E437 -- --
bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4